Монастырь был сооружён в XVII в. на месте развалин более ранних церквей: византийского храма времён св. Елены в IV в., церкви крестоносцев.Эйн-Керем в христианской традиции тесно связан с именем Иоанна Крестителя (Иоанна Предтечи). Здесь жила мать Иоанна; здесь неоднократно встречались Дева Мария и св. Елизавета; здесь Елизавета с сыном чудом избежали гибели от рук войска Ирода; здесь жил и проповедовал Иоанн Креститель.