Чарская пустыня расположена в окружении рек и болот в регионе с довольно влажным климатом, и более того, в зоне вечной мерзлоты. Практически у каждого сразу возникает вопрос: "Откуда взялась пустыня в таком месте?" В действительности она имеет ледниковое происхождение и начала формироваться около 40 тысяч лет назад. Ледник, сошедший с Кодарских гор, перегородил выход из долины, в следствии чего образовалось огромное озеро, разлившееся на всю Чарскую долину. Через несколько тысяч лет, после таяния льдов, озеро практически исчезло, оставив после себя огромные массивы донных отложений, в основном в виде песка и гравия. Многие тысячи лет они перевеивались песками, формируя песчаные дюны и гряды