Храм представляет собой сложное в архитектурно-композиционном смысле сооружение и состоит из нескольких частей. В основании центрального собора лежит церковь Покрова с северным приделом пророка Даниила. Верхний «летний» храм возведён на ней в 1729 году в формах московского барокко. В 1752 году над западным притвором и папертью нижнего храма была поставлена ярусная церковь Даниила Столпника. Таким образом, сложилась уникальная для московской архитектуры композиция — два верхних храма на одном нижнем. Храм реставрировался в 1970—1980-е годы, был вновь освящён в 1988 году.