Церковь Григория Богослова была возведена в 1670-х годах, вместе с остальными постройками на территории Митрополичьего сада. В 16 веке на месте церкви располагались палаты Григорьевского монастыря, который был упразднен в 17 веке во время строительства нового Архиерейского двора. Новую церковь построили на месте старого фундамента.