Место под возведение церкви обозначено на планах застройки города в 19 веке. Но появилась она позже и украсила город под названием Уфа. Храм Рождества Богородицы был построен в период с 1901 по 1909 годы. Основные финансовые вложения были сделаны купцом Н. М. Патокиным. Освящение храма состоялось в сентябре 1909 года